曲塊成型后,送入曲房,微生物菌體是由很多種渠道自然接種的.在密閉的曲房內,微生物開始繁殖,并散發熱量,溫度的升高又加速水分的蒸發,使一整個曲房內溫度和濕度都上升.從培菌全過程的操作而言,山東酒曲與黃酒麥曲并無明顯差異,翻曲、通風、堆曲等仍是必要性的操作步聚.但至關重要的區別是培菌溫度.山東酒曲向高溫曲方向變化.
山東酒曲的原料為豌豆,小麥和大麥.其配比也隨各地而有所差別.豌豆在原料中占30%-50%.因而豆類原料的廣泛運用,對山東酒曲中的微生物種類,相應數量,對曲香,酒香都有著非常重要的意義.